Die signifikanten Belastungen der Gewässer wurden bereits im Rahmen der Bestandsaufnahme aus dem Jahr 2004 identifiziert. Die seither gewonnenen Ergebnisse aus der Gewässerüberwachung bestätigen weitgehend die Einschätzungen aus der Bestandsaufnahme.
Aus den aktuell schwerpunktmäßig auftretenden Belastungen der Gewässer und den Umweltzielen der WRRL ergeben sich die wichtigen Wasserbewirtschaftungsfragen für die Umsetzung der WRRL. In Schleswig-Holstein sind dies:
die hydromorphologischen Veränderungen der Oberflächengewässer und
diffuse stoffliche Belastungen durch Nährstoffe.
Die hydromorphologischen Veränderungen beruhen auf dem früheren Gewässerausbau, der einer besseren Entwässerung und Nutzung landwirtschaftlich genutzter und bebauter Flächen sowie dem Hochwasserschutz und der Schifffahrt diente. Damit wurden praktisch alle schleswig-holsteinischen Fließgewässer in ihrem Verlauf und ihrer Form mehr oder weniger stark verändert. Der Ausbau und die zum Erhalt des Ausbauzustands notwendige Unterhaltung führten in fast allen Fließgewässern Schleswig-Holsteins zu einer biologischen Verarmung, mit der der gute ökologische Zustand nach WRRL heute verfehlt wird.
Die überhöhten Nährstoffkonzentrationen bewirken in den Seen und Küstengewässern eine Eutrophierung, die eine natürliche Gewässerflora und –fauna verhindert. In etwa 40 Prozent aller Grundwasserkörper im Hauptgrundwasserleiter ist die Trinkwassernutzung durch zu hohe Nitratkonzentrationen gefährdet, während in den tiefen Grundwasserleitern noch ein guter chemischer Zustand vorhanden ist.
Die Reduzierung der Belastungen der Küstengewässer durch zu hohe Nährstoffeinträge ist ein Umweltziel, das nur durch Maßnahmen im gesamten Einzugsgebiet zu erreichen ist. Hier ist eine Reduzierung der Nährstoffkonzentrationen um etwa 25 % erforderlich.
Die Einträge der Nährstoffe Stickstoff und Phosphor in den Oberflächengewässern sind in den letzten Jahren bei Stickstoff und Phosphor insgesamt weiter zurückgegangen. Die Reduzierung beruht vor allem auf dem Bau von Abwasserbehandlungsanlagen mit Nährstoffeliminierung sowie auf der Verminderungen der Stickstoffüberschüsse bei der Düngung. Nach Umsetzung der Kommunalabwasserrichtlinie und der Förderprogramme des Landes zum Kläranlagenausbau erlangten diffuse Einträge von Nährstoffen aus der Landbewirtschaftung in die Gewässer zunehmende Bedeutung. Sie machen inzwischen etwa 80 % der Gesamteinträge aus. Hohe Phosphoreinträge durch Bodenerosion entstehen vorrangig bei Ackerstandorten. Erhebliche Stickstoffeinträge gelangen darüber hinaus über das Grundwasser und Dränagen in die Oberflächengewässer.
